1、吸收
大豆异黄酮的吸收主要通过两种途径，脂溶性的甙元可从小肠直接吸收，食物中大部分以甙类形式存在的异黄酮不能通过小肠壁，而是通过结肠中细菌的β－葡萄糖甙酶而水解，生成的产物进一步被细胞降解，生成甙元。人体实验表明大豆异黄酮主要在肠道中被吸收，吸收率为10%－40%。
2、代谢
进入肠道中的大豆异黄酮在细菌降解作用下，大豆素的最终代谢产物为雌马素和去氧甲基安哥拉紫檀素，而染料木素则最终降解为4－乙基苯酚。大豆异黄酮的代谢存在着明显的个体差异，一般来说大豆素的生物利用度显著高于染料木素及黄豆黄素。
由于大豆异黄酮主要是以食物形式被吸收入人体的，这就使它的生物利用度研究与单纯意义上的药物有所不同，那么影响大豆异黄酮生物利用度的因素有哪些呢？
1）植物油可提高生物利用度
大豆异黄酮的甙元难溶于水，生物利用度相对来说较低，而以染料木素及大豆素为模板，筛选合成的异黄酮Ipriflavone(IP)在欧洲临床上将其用于治疗骨质疏松症，其商品名为Osteofix tablet（合骨片）。若采用植物油混合给志愿者服用，其达到峰值时间延长，生物利用度增加。因此膳食中的植物油可以提高大豆异黄酮的生物利用度。 2）谷物纤维可降低异黄酮的生物利用度
人体实验证明，饮食中较高的谷物纤维素可以降低大豆异黄酮的生物利用度，究其原因：（1）可溶性纤维素是水溶性的，极性较强，极性强的物质易吸附，而对于极性较弱的异黄酮类，特别是游离甙元易吸附于不溶性纤维素上，这样就阻碍了小肠对大豆异黄酮的吸收。（2）纤维素类物质易在肠道内发生起泡反应，这样就使得肠道内的β－葡萄糖甙酶及β－半乳糖甙酶的浓度相对减少，这些酶对结合型的异黄酮的水解作用相对减弱，因此就降低通过胆汁排泄的那部分异黄酮的吸收。
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